Pirmoji Anneniekų evangelikų liuteronų bažnyčia pastatyta 1711 m. Medinė bažnyčia buvo pastatyta vietoje, kur po didžiojo maro buvo laidojami apylinkės gyventojai. Dabartinė bažnyčia, kuri jau yra mūrinis 300 žmonių talpinantis pastatas, buvo pastatyta XVIII a. viduryje. Ji buvo Jaunpilio bažnyčios pagalbinė bažnyčia. XX a. renovacijos darbai vyko vadovaujant poniai P. Kundziniui. 1990 m. buvo atstatyta ir palaiminta bokšto smailė su paauksuotu gaidžiu, kryžiumi ir rutuliu. Atnaujintas ir altorius bei bažnyčios interjeras.
